Von Homologie spricht man immer dann, wenn zwei oder mehr Strukturen von einer gemeinsamen Struktur ableitbar sind, es ist ein morphologischer Begriff, der ein Phänomen beschreibt, dessen Deutung und Erklärung durch die Evolutionstheorie möglich geworden ist. Die Erkenntnis von Homologien wurde zu einer der wichtigsten Voraussetzungen für die Evolutionstheorie. Unter Analogie versteht man die Ausbildung gleichartiger Merkmale aufgrund eines gleichartigen Selektionsdrucks. Eines der bekanntesten Beispiele hierfür stammt aus dem Tierreich: Schwarz-gelb ist eine Warnfarbe. Schwarz-gelb gemusterte Arten kommen unter den Insekten (z.B. Wespen) und unter den Wirbeltieren (z.B. Feuersalamander) vor. Doch weder die Anlage der Muster noch die chemische Zusammensetzung der Farbstoffe haben irgend etwas Gemeinsames.
Blüte und Blütenstand: Linum flavum (Blüte) und Lindheimera texana (eine Asteraceae): Blütenstand. Bei dem hier gewählten Artenpaar sind die Blüte, bzw. der Blütenstand etwa gleich groß
Eine vergleichbare Situation findet man bei der Betrachtung der Thalli von Chlorophyta (Ulva lactuca, links) und Rhodophyta (Porphyra umbellicalis, rechts). Herbarexemplare aus dem Helgoländer Felswatt (August 1961).
Parallelismus und Konvergenz (= Parallelentwicklung und konvergente Entwicklung): Unter Parallelismus versteht man das unabhängige Auftreten ähnlicher Erscheinungen (Änderungen) in Gruppen, die sich auf gemeinsame Vorfahren und damit auf eine gemeinsame genetische Basis zurückführen lassen. Unter Konvergenz wird die zunehmende Ähnlichkeit (von Organen oder Organismen) zweier phylogenetisch unabhängiger Linien bei gleichem Selektionsdruck verstanden. Mit zunehmender Artenzahl steigt die Wahrscheinlichkeit des Auftretens von Konvergenzen.
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